Markus Knüfken wuchs in Essen auf. Knüfken machte 1985 in Essen-Kettwig sein Abitur und zog dann nach München, um seinen Zivildienst anzutreten. 1987 arbeitete er für sechs Monate im Paketpostamt München, um sich eine halbjährige Reise nach Australien zu finanzieren.
Im April 1988 kam er aus Australien zurück. Er machte den Taxischein und arbeitete als Dauerstatist bei der Bavaria Film für die ARD Reihe Rote Erde. Im Sommer 1990 begann er seine Ausbildung als Schauspieler bei der Schauspielschule Schauspiel München.
Nach drei Jahren schloss er die Ausbildung ab. Sein Anfänger-Engagement hatte er im Februar 1994 beim Stadttheater Herford. Zuvor drehte er jedoch bereits seine ersten Fernsehproduktionen. Seine erste große Rolle spielt Knüfken im November/Dezember 1993 als rechtsradikaler Skinhead in der Polizeiruf-110-Folge Samstags wenn Krieg ist unter der Regie von Roland Suso Richter. Es folgten Hauptrollen in Krimi-Reihen wie Tatort und Notruf Hafenkante.
Im Jahr 1995 etablierte sich Markus Knüfken mit der Hauptrolle des Eddie Velten in der Serie Auf Achse. Seitdem hat er in vielen Fernsehfilmen, Serien aber auch Kinoproduktionen mitgespielt. Als seine persönlichen Lieblingsprojekte nennt Knüfken Bang Boom Bang und Doppelpack. Weitere bekannte Produktionen, an denen Knüfken mitwirkte, waren unter anderem Das merkwürdige Verhalten geschlechtsreifer Großstädter zur Paarungszeit und Knockin’ on Heaven’s Door.
Markus Knüfken war mit der niederländischen Schauspielerin Ellen ten Damme verheiratet. Er lebt seit 2003 in Hamburg und ist mit Andrea Lion verheiratet, mit der er ein Kind und eine Stieftochter hat.
Till Bornemann
Axel Nehls
Dr. Lothar Winter
Siggi Schmidtmüller
Wolfgang Stiller
Kai Norden
Sascha Eich
Pfarrer Albers
Frans Vidmark
Heiner Lamprecht
Martin Klausen
Horst Brinkmann
Frank Bongerts
Eddi
Willi Fuhrmann
Johannes Gärtner
Jens Ziller
Stefan Andresen
Gerd Böckmann
Pastor Karl-Jochen Happe
Jürgen Bauer
Doktor Peters
Günther Matuske
Dr. Gunnar Huber
Nicholas Beyer
Police Officer
Georg Glaser
Leonhard Keller
Frank
himself
Stefan Ostheim
Moritz
Thomas Schwellinger
Erich
Dominik Engel
Polizist
Christoph Tattinger
Andreas 'Andy' Fink
Inspector Kurzte
Roland Ross
Doc Rock
Mathias
Alex
Edgar Strack
J.T.
Ewald
Jojo
Sebastian Berling aka Hermann Zeitler
Thomas Behrens
Enno
Co-Star
Andreas von Thamm
Herbert
Peter
Ulf Baumann
Matz Säckle
Caspar 'Kid'
Georg Schmidt
Mark
Christian
Michael
Obdachloser
Mike
Klaus
Benedict Bordin
Jonas Tjersland
Fabian Lehner
Micha
Erik Krapp
Hoffi
Alex
Vater
Tom
Frank
Thomas
Self
Felix von Bondy
Dieter Rogalla
Uwe
Papa
Roger
Self
Self
Self